「人にやさしい医療を目指して」が日医総研の運営理念です。
「やさしさ」とは思いやりがあって親切であることというのは当然ですが、プロとしての自信からくる余裕という意味も含まれます。 更には、わかりやすいということにもつながります。 日医総研の研究は、常に「人」を視点の中心に置くことが要求されます。

日医総研は、以下の事項を達成することを目的として創設されました。

これらの目的を達成する過程で得られる医療政策の多様な選択肢は、日医活動のサポートのために役立てられます。